Μία ημέρα μετά την απομάκρυνση του Σίτο Αλόνσο από την τεχνική ηγεσία της Μπανταλόνα, ο ισπανικός σύλλογος ανακοίνωσε την πρόσληψη του Πέπου Ερνάντεθ στον πάγκο της ομάδας. Η συντριβή των Ισπανών από τον Αρη στο EuroCup ήταν η σταγόνα που ξεχείλισε το ποτήρι για τους διοικούντες την Μπανταλόνα, με αποτέλεσμα ο Αλόνσο να απολυθεί από τον σύλλογο και να αναλάβει ο Ερνάντεθ έως το 2012.

Ο Ερνάντεθ, ο οποίος οδήγησε τους «φούριας ρόχας» στην κατάκτηση του χρυσού μεταλλίου στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα του 2006 και του ασημένιου στο Ευρωμπάσκετ του 2007, απομακρύνθηκε από την Εθνική Ισπανίας το 2008. Σε επίπεδο συλλόγων το όνομά του έχει ταυτιστεί με την Εστουντιάντες, στην οποία άρχισε την προπονητική καριέρα του το 1974, αναλαμβάνοντας τις μικρότερες ομάδες του συλλόγου. Το 1990 ανέλαβε βοηθός προπονητή στην πρώτη ομάδα, όπου έμεινε μέχρι το 1994, όταν χρίστηκε πρώτος προπονητής. Με την Εστουντιάντες κατέκτησε το ισπανικό κύπελλο το 2000, ενώ τη σεζόν 2003-04 αναδείχθηκε κορυφαίος προπονητής της χρονιάς στην Ισπανία.